Si les conditions sanitaires au Japon sont bonnes, il est toutefois conseillé aux voyageurs de se renseigner sur les médicaments à emporter, les vaccins à effectuer, les assurances à contracter ou encore les conditions d'hygiène à respecter sur place.
Aucun vaccin n'est obligatoire pour entrer sur le territoire japonais. Néanmoins, il est conseillé d'être vacciné contre l'encéphalite japonaise, le DTPolio, et les hépatites A et B.
Il est conseillé de prévoir une assurance rapatriement et maladie avant le départ pour le Japon.